Maak kennis met Steff Taelman - genomineerde Eosprijs

Steff Taelman

Als er slechts één persoon mijn thesis leest en een vaag idee ontdekt om antibioticaresistentie op te lossen, dan zie ik dat als een overwinning

A dual computational approach to map domain architecture in phage lytic proteins
(Titel journalistiek artikel: De nieuwe generatie antibiotica)
Steff Taelman
Universiteit Gent - Master of Science in Bioinformatics: BioScience Engineering

Bio-informaticus Steff Taelman (Universiteit Gent) combineerde artificiële intelligentie en synthetische biologie om antibiotica-resistente bacteriën te bestrijden. Hij legde zich toe op zogenaamde enzybiotica: bacteriedodende stoffen opgebouwd uit stukjes van virussen. 

Waarom koos je voor dat scriptieonderwerp?

In mijn laatste bachelorjaar mochten we voor een mondeling examen zelf een onderwerp kiezen waarover de prof dan enkele vragen zou stellen. Hoewel het slechts in één zinnetje voorkwam in de cursus, koos ik voor faagtherapie: het idee om bacteriën te bestrijden met virussen. Als bio-ingenieur geschoold in de gevaren van antibioticaresistentie, leek het mij vreemd dat kennelijk niemand hier mee bezig was. Twee jaar later zag ik een gelijkaardig onderwerp staan in de lijst van thesisonderwerpen, maar dan nu met ondersteuning van een volledige vakgroep biologen en enkele wiskundigen. Ik was direct verkocht.

Wat was het mooiste moment tijdens het schrijven van je scriptie?

Het mooiste moment was eigenlijk iets heel klein. Tijdens het eerste semester was ik nog AI's (artificiële intelligentie, nvdr) aan het schrijven om te voorspellen welke bacteriën konden aangevallen worden door bepaalde virussen. Om een mooi resultaat hiervan te kunnen tonen aan mijn begeleiders had ik een bepaalde parameter uitgezet in een figuur.

Een van mijn promotors merkte op dat deze figuur eigenlijk een inzicht gaf in waarom de AI een bepaalde voorspelling maakte. De volgende week stuurde hij mij een boek door rond 'interpretable machine learning'. Zo leerde ik modellen kiezen die wiskunde konden vertalen naar biologie, en zo wist ik waar ik de laatste helft van mijn scriptie op wou focussen.

Wat was het moeilijkste (moment) bij je scriptieonderzoek?

Als bio-informaticus vind je jezelf in het midden tussen biologen en wiskundigen. Zo vond ik mijzelf af en toe in een samenstroom van ideeën die niet noodzakelijk een vertaling hadden in het andere vakgebied. Dit benadrukte echter wel de gelijkenissen in de ideeën, waardoor het doel van mijn thesis zeer duidelijk werd.

Waarom zou iemand jouw thesis moeten lezen?

Antibiotica zoals we ze nu bij de apotheek kunnen krijgen, zullen het niet lang meer uithouden. Als er slechts één persoon mijn thesis leest en hieruit een vaag idee haalt om dat op te lossen, zie ik het als een overwinning. En hoe meer mensen mijn thesis lezen, hoe groter de kans natuurlijk.

Wat doe je nu, in je leven na de scriptie en studies?

Momenteel werk ik, in afwachting van de start van mijn doctoraat aan de universiteit, om de resultaten van mijn scriptie te publiceren. Zo hopen we een breder publiek te bereiken en de strijd tegen antibioticaresistentie echt van de grond te krijgen.